続・人事部長からの質問

本当の状況がどういうものか分かっていないので介入するのはマズいと思います。

「自ら考え行動できそうな人」は確かに「自分勝手で扱いづらい」でしょう。
ただ、本当に「自ら考え行動できそうな人」であれば上司が何を言おうが経営から文句を付けられようが自分で道を切り開いていくでしょうし、その姿を見て周りも支援してくれると思います。その会社で上手く行かなくても受け入れてくれる他の会社で上手く行くでしょう。
自分がそのシチュエーションに置かれたら上司などスルーして経営層に打診をしてダメなら辞めてしまうと思います。
「自ら考えて行動する」というのはそこまで強引にでも実行する能力があってこそだと思います。
単に自分の案が通らないから腐る程度では話になりませんし、上司に反論させない水準の物を用意さえすればよいだけ。上司だって手柄は欲しいので応援してくれると思います。

ちょっと話はそれてしまいますが「結構いい案だと思う」というレベルと実際特許を取りに行く行動力を持った人では能力的に猛烈な差があります。案やアイディアの水準を実現できるレベルまで持って行ける人こそ「自ら考え行動できそうな人」の定義にすべきだと自分は考えています。